La investigación en sistemas de salud (ISS) empezó a ser utilizada en México como herramienta de evaluación en la entonces denominada Secretaría de Salubridad y Asistencia (SSA) en los años setenta. Como campo de estudio, inició su desarrollo a finales de esa década a partir de iniciativas tales como el Programa Colaborativo en Antropología de la Salud de la Escuela de Salud Pública de México y el Instituto Nacional de Antropología e Historia.

Las maestrías en Investigación de Servicios de Salud de la Universidad Nacional Autónoma de México y en Medicina Social de la Universidad Autónoma Metropolitana y la inclusión de contenidos sobre sistemas de salud en los programas de diversas universidades. No obstante, para 1982 la ISS apenas representaba el 1% de la investigación en salud disponiendo del 1.5% del presupuesto total para investigación.

En 1984 la SSA fundó el Centro de Investigaciones en Salud Pública (CISP) como herramienta para impulsar la investigación para el desarrollo sectorial e incluyó de manera prominente a la ISS. El CISP cumplió un importante papel en la reforma estructural del sector salud de los ochenta impulsando la coordinación sectorial, el desarrollo de la atención primaria y la descentralización. Por otra parte, en 1986 la Escuela de Salud Pública de México inauguró el Programa Avanzado de Sistemas de Salud (PROASA).

La ISS recibió un nuevo impulso en 1989 con la fundación del Instituto Nacional de Salud Pública (INSP) y la confederación del CISP dentro del Instituto. La Jefatura de Investigación en Políticas de Salud fue elevada al rango de Dirección de Área transformándose más tarde en la Dirección de Investigación en Organización de Sistemas de Salud. En el mismo año se efectuó una descentralización piloto del INSP basada en dos Núcleos Regionales para el Desarrollo de Sistemas de Salud.

En 1992 ingresó al INSP la primera generación del doctorado en Ciencias en Salud Pública con énfasis en Sistemas de Salud. En 1996 el CISP fue reestructurado en dos Centros: el Centro de Investigaciones en Salud Poblacional (nuevo CISP) y el Centro de Investigación en Sistemas de Salud (CISS).
En junio de 2005, la más reciente reestructuración del INSP vinculó los programas de enseñanza y los colegios de profesores a cada uno de los centros de investigación, delimitó sus funciones y las de los comités generales de postgrado y estableció 13 líneas de investigación.