El CISS ofrece diversos servicios que van de la promoción de la utilización del conocimiento derivado de la investigación entre los tomadores de decisiones y el personal encargado del funcionamiento de los servicios de salud en los estados hasta el fomento a la cooperación multilateral en salud pública.

• Núcleo de Liderazgo en Salud
• Diplomado de Salud Global
• Cuentas Nacionales e Impacto Económico
• Evaluación de Sistemas y Programas de Salud
• Formación y Capacitación en Promoción de la Salud
• Investigación para el Desarrollo de los Sistemas Estatales de Salud. INDESES.
• Centro Estatal de Desarrollo de Sistemas de Salud (CEDESS)
• Instituto Mesoamericano de Salud Pública (IMSP)